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Loro cabeza amarilla  (Amazona oratrix)
En peligro de extinción   De esta especie surgen cuatro subespecies, tres de ellas son endémicas de México.
Tucaneta verde  (Aulacorhynchus prasinus)
Sujeta a protección especial   Ave de hábito omnívoro. Además de ser dispersora de semillas de árboles selváticos, estimula la germinación de algunas especies después de ser digeridas.
Aguililla negra mayor  (Buteogallus urubitinga)
Sujeta a protección especial   Esta ave es indicadora de la salud de las poblaciones de pequeños vertebrados de los que se alimenta.
Zorzal corona negra  (Catharus mexicanus)
Sujeta a protección especial   Habita sólo en bosques conservados, por lo que es indicadora de la salud de los mismos.
Chivizcoyo  (Dendrortyx barbartus)
En peligro de extinción Endémica   Esta ave es endémica de las Sierras Madre Oriental y de Oaxaca, habita los bosques de niebla y cafetales de sombra. Sus poblaciones se han visto afectadas por la fragmentación de su hábitat.
Gorrión mariposa  (Passerina ciris)
Sujeta a protección especial   Ave migratoria vistosa por la coloración tricolor de los machos. La destrucción de su hábitat es su principal amenaza.
Paloma perdiz cara blanca  (Zentrygon albifacies)
Amenazada   Perdiz habitante de bosques de encino y de niebla, así como de cafetales de sombra. A pesar de que ha sido poco estudiada se sabe que prefiere lugares con cobertura vegetal densa, lo que la ha hecho propensa a la degradación de su hábitat.
Cigüeña americana  (Mycteria americana)
Sujeta a protección especial   Esta ave de gran tamaño y cabeza carente de plumas ha sufrido un decremento en sus poblaciones en los últimos años. Los cambios de los cuerpos de agua en los que vive, así como la fragmentación y contaminación, afectan su desarrollo poblacional.
Garza tigre mexicana  (Tigrisoma mexicanum)
Sujeta a protección especial   Ave acuática y grande, con corona negra, cara y garganta desnuda amarillas y cuerpo café con un barrado fino en negro. Los juveniles tienen la corona parda y el cuerpo totalmente barrado. Habita en zonas abiertas con cuerpos de agua vastos acompañados de vegetación riparia e hidrófita
Tigrillo  (Leopardus wiedii)
En peligro de extinción   Es el felino más pequeño de México. De hábitos arbóreos, se encuentra en bosques y selvas húmedas con buena cobertura vegetal, por lo que la deforestación y degradación del hábitat, además de la caza, son las amenazas a las que se enfrenta.
Brazofuerte  (Tamandua mexicana)
En peligro de extinción   Los hormigueros son animales solitarios que pueden ser tanto diurnos como nocturnos y se desplazan a través del suelo o los árboles. Las hembras cargan a sus crías en la espalda mientras se mueven. Cuando se ven amenazados se levantan sobre sus dos patas traseras y se defienden con las garras.
Nutria de río  (Lontra longicaudis annectens)
Amenazada   Las nutrias fungen como reguladores de poblaciones de los vertebrados e invertebrados que forman parte de su dieta. También son indicadores de la salud de cuerpos de agua en los que habitan. Son animales carismáticos que los hacen ser considerados como “especie bandera”.
Jaguarundi  (Herpailurus yagouaroundi)
Amenazada   Este felino puede presentar dos variaciones de coloración, café-rojiza o gris-oscura. Son animales predominantemente terrestres, diurnos, solitarios y oportunistas. Prefieren los lugares con cobertura vegetal, por lo tanto, la fragmentación y degradación del hábitat son sus principales amenazas.
Oyamel de Juárez  (Abies hickelii)
En peligro de extinción Endémica   Árbol grande, de madera suave blanquizca-amarillenta. La leña se usa como combustible.
Bálsamo amarillo  (Acosmium panamense)
Amenazada   Forma parte del bosque tropical. Su madera es dura, pesada y resistente. Aunque atractiva, es inadecuada para muebles por su alta densidad. Se recomienda para aprovechamiento, manejo y enriquecimiento de bosque natural.
Necoxtle  (Alfaroa mexicana)
Sujeta a protección especial Endémica   Su madera es amarilla. Es nativa de México, específicamente Veracruz y Oaxaca. Se encuentra vulnerable debido al pequeño territorio en que se distribuye. Se usa como sombra en plantaciones de café.
Gateado  (Astronium graveolens)
Amenazada   Crece en suelos rocosos y mal drenados. Su madera es muy pesada, durable y resistente a la pudrición. Por ser de excelente calidad y prestarse para un hermoso pulimiento, se usa en ebanistería.
Mangle negro  (Avicennia germinans)
Amenazada   Ayuda a proteger las zonas costeras. La madera es excelente para usarse como leña y carbón. También se utiliza en la construcción de muebles, gabinetes e instrumentos musicales. Las flores son melíferas.
Pipinque blanco  (Carpinus caroliniana)
Amenazada   Su madera es extremadamente dura. Tradicionalmente se emplea en el medio rural como leña y carbón. En algunos lugares se destina a la manufactura de artesanías, palancas, cuñas y mazos. También se usa en programas de reforestación.
Cedro rojo  (Cedrela odorata)
Sujeta a protección especial   Se usa en plantaciones comerciales y como sombra de café. La madera se usa en la fabricación de muebles finos, instrumentos musicales, chapas, cubiertas y forros de embarcaciones. Las flores son melíferas, producen miel de excelente calidad.
Nogal  (Juglans piryformis)
Amenazada   Se usa como sombra en plantaciones de café. La madera es de excelente calidad, se considera preciosa por su bello color y veteado. Se utiliza para fabricar muebles finos, artículos decorativos, recubrimiento de muebles e instrumentos musicales.
Mangle blanco  (Laguncularia racemosa)
Amenazada   Crece únicamente al nivel del mar, en sitios con inundaciones por mareas poco frecuentes e intensas y agua salobre. La madera se usa principalmente para postes y como leña. La corteza y las hojas poseen taninos y tienen uso medicinal para curar diarreas y como astringentes.
Laurel  (Litsea glaucescens)
En peligro de extinción   Tiene importancia industrial para la extracción de productos químicos, pero es más utilizado en forma tradicional como planta medicinal y condimento de cocina. También se usa en rituales religiosos.
Magnolia  (Magnolia dealbata)
En peligro de extinción   Ocasionalmente se emplea como ornato por lo atractivo de su porte. Las flores y la corteza tienen propiedades medicinales. Es usado para programas de reforestación y restauración ecológica en áreas degradadas. Se encuentra en peligro de extinción.
Magnolia  (Magnolia schiedeana)
Amenazada   Árbol ornamental. La madera se usa en la elaboración de tablas, implementos agrícolas, construcción de viviendas en el medio rural y como leña.
Pipinque rojo  (Ostrya virginiana)
Sujeta a protección especial   Especie de lento crecimiento. Su madera es dura y pesada, utilizada en el medio rural para la elaboración de postes para cercas y mangos para herramientas agrícolas. Las hojas son un excelente forraje para algunas especies. Es ornamental debido a su atractivo aspecto.
Mangle rojo  (Rhizophora mangle)
Amenazada Endémica   Crece únicamente al nivel del mar en la desembocadura de ríos y a las orillas de lagunas costeras con influencia de agua salobre. Su madera dura y pesada produce carbón de alta calidad y es empleada en construcciones marinas, postes y mangos para herramientas agrícolas.
Primavera  (Handroanthus chrysanthus)
Amenazada   Es ornamental debido a sus flores color amarillo. Su madera es dura, pesada y resistente; en el medio rural se utiliza en la construcción de viviendas, elaboración de tablas, mangos, postes para cercas, artículos torneados y artesanías.
Yolloxochitl  (Magnolia mexicana)
Amenazada   Por su importante valor ornamental embellece espacios abiertos. Localmente es empleado como cerco vivo y ocasionalmente para proporcionar sombra en plantaciones de café. La madera es utilizada para decoración de interiores y construcción de muebles.
Amargoso  (Vatairea lundellii)
En peligro de extinción   Árbol grande y recto. Su madera se usa para fabricar muebles, puertas, ventanas, componentes estructurales, carpintería, terrazas, crucetas de ferrocarril, enchapados y gabinetes.